创新改革当先锋
在南京关区率先实施船舶联检制度改革，是南通海关支持南通深入开放的一项重要举措。联检制度始于1950年代。国际航行船舶抵达口岸后，必须先停泊在离港十几海里的狼山锚地等待联检，耽误船期，影响物流。1993年，南通海关根据口岸特点，实行“进港不联检，检查不上船”。这一举措，带动了口岸联检制度的整体改革，提高了港口利用率。
江苏王子制纸项目是南通改革开放以来引进的最大外商投资项目，涉及进口设备金额13亿美元。南通海关成立王子项目工作组，将按常规由多个部门办理的事项，改由一名副关长全权负责，并量身订制了专人办理减免税审批、门到门查验、码头直提直放等全套服务。去年3月，王子制纸在国家发改委批文未到前进口首批设备，如不能及时通关，将产生大笔滞港费用并影响工程进度。海关特事特办，以税款担保方式同意企业先行进口设备，批文领取后补办免税手续。江苏王子总经理渡边正说：“南通投资环境稳定，海关服务优良。王子落户南通，是一个明智的选择”。
企业分类管理制度是海关企业信用体系建设的核心，其原则是守法便利、失信惩戒。早在1994年，南通海关就试行这一制度，受到海关总署关注。目前，全市有海关AA类企业8家、A类企业131家，其进出口规模约占全市对外贸易的四成。海关AA类、A类企业这张光鲜的名片，不仅使企业享受海关提供的便捷通关、担保验放、集中审批、信任核销、网上支付等诸多优惠，更成为他们开拓国际市场的一块金字招牌。在国际金融风暴肆虐的2009年，南通海星电子有限公司销售额逆势增长20%，原因正在于外商获知这一企业享有海关AA类资质，认为“值得信赖，要长期合作”。
扬眉仗剑护国门
南通滨江临海，走私与反走私、正义与非正义的较量从来没有停止过。
南通海关从建关初期查获手表、折叠伞、冰箱、彩电等生活资料，到如今查缉钢材、涤纶丝、成品油、汽车等生产资料，地方政府和南通海关同心协力，综合治理，促使口岸反走私斗争始终保持着高压态势，保障了对外贸易秩序的正常开展。
1996年9月，南通海关配备了高速缉私艇，成立了专门打击海上走私的缉私中队，监控范围由陆地口岸延伸到长江口及周边领海，成为走私分子难以逾越的屏障。一次，南通海关缉私艇奉命赴广东海域执行缉私任务，在远离家乡的3个月中，缉私队员们闯过了海域生疏、语言不通、水土不服乃至台风多次袭击的艰难险阻，圆满完成了“南下轮战”任务，被海关总署通令嘉奖和集体记功。
1999年8月，南通海关缉私分局宣告成立，揭开了南通口岸反走私斗争的新篇章。缉私警察不负众望，组建不久即侦破了一起挖掘机走私要案，被海关总署缉私局荣记集体三等功。2004年底，全国海关打私成果展在北京揭幕，南通海关缉私分局侦破的3400吨废催化剂走私案引起社会注目。这是建国以来中国海关查获的最大一起废催化剂走私案。1999～2010年的11年间，南通海关缉私警察共立案侦办各类案件540起，总案值9.15亿元，为国家挽回经济损失1.5亿元；抓获犯罪嫌疑人138名，一批走私分子受到正义的审判。因缉私战果卓著，南通海关缉私分局被海关总署表彰为全国海关缉私部门基层建设先进单位，被公安部表彰为全国优秀公安基层单位。
强基固本严治关
每天早晨，一缕朝阳照进海关宽敞、明亮的业务大厅。一线窗口的关员们忙碌着，他们面带微笑，为报关人员提供热情周到的服务……展现在人们面前的是一支充满朝气的队伍。南通海关关长陶建明说：“准军事化管理，从严治关方略，使海关队伍建设和业务拓展实现了比翼双飞，互相促进。”
多年来，南通海关党组认准一个道理：海关作为国家进出境监督管理机关，处于开放的最前沿，考验无处不在，一定要用好人民赋予的权力，清清白白做官，堂堂正正做人。南通人至今还记得如东集成公司走私案。鱼贩子顾某以“北鳗南养”为名，在广东惠州从事走私活动。他采取各种手段，拉拢腐蚀两地的一些领导干部和管理人员，中箭落马的处级干部多达几十名。当时，此人曾来到南通海关，力邀关领导和部分科长，乘包机去惠州游玩，被一概拒绝。30年间，南通海关关长更替九任，无不将守土尽责、从严治关的大旗高高举起。历届党组用很大的精力加强自身建设，用自身的表率作用带队伍、抓管理，取得群众对班子的充分信任。
家以人和，关以人兴。自建关以来，该关获得5届”江苏省文明单位“称号，2次被评为全国海关先进集体，并荣膺全国创建文明行业活动示范点、全国文明单位的荣誉；234人（次）入选市级以上各类先进模范行列；培养出一批德能兼备的中坚人才，其中近20名同志从这个基层海关走向各地海关担任领导职务。2009年初，南通海关推行关员代表大会制度。广大关员通过关员代表大会这一平台履行权利义务， 跃建言献策，大大地调动了建设管理强关、服务地方经济的积极性。近两年间，各业务科室帮助企业解决通关难题67个、求助事项206个。这一制度得到南京海关肯定，今年4月在全省海关系统推广。
