为充分发挥杭州保税物流中心的作用，浙江电子口岸承建了“杭州保税物流中心（B型）信息系统”。该系统包括海关辅助管理信息化系统、检验检疫辅助管理信息化系统、门户网站系统、企业外网申报系统、物流基地管理系统等多个子系统。目标是建设成为一个联接海关、国检、管委会、保税物流中心入驻企业、物流企业等保税物流中心相关部门的公共数据平台，将各方物流生产及监管信息整合在一起，实现物流企业和物流信息的资源共享和信息交换，并利用信息技术手段为园区在海关监管服务、口岸作业、转口贸易、物流分拨、加工业务等方面提供现代化服务。
 
    2010年6月 11日，“杭州保税物流中心（B型）信息系统”项目正式立项。为进一步做好项目建设开发，7月初，项目组前往苏州综合保税区、苏州神州数码公司本部调研，学习了保税物流区公共数据平台建设和信息化管理的先进经验。目前，杭州保税物流中心（B型）项目需求分析已完成，进入实质开发实施阶段，预计在9月底完成系统开发，发布上线后，进入试运行阶段。
 
    杭州保税物流中心（B型）将于2010年12月迎接国务院４部委的检查验收，保税物流中心信息系统所含的企业外网申报系统、海关辅助管理信息化系统以及检验检疫辅助管理信息化系统是验收的重要组成部分，将在验收前全部上线运行。