2007年，国家质检总局出台支持海西建设的《意见》，推出8个方面28条举措，包括加强对台交流与合作、实行比一般贸易更加灵活高效的对台小额贸易检验检疫监管制度、简化对台小额贸易船舶检疫手续等。2009年5月18日，国务院《意见》出台后仅4天，国家质检总局在国家部委中率先发力，再次推出进一步支持海西建设的20条政策措施，包括支持闽台产业对接，支持闽台扩大农业合作，支持福建台商投资区建设和发展等。在这些政策的带动下，福建省检验检疫部门创新模式、主动作为，力促闽台贸易发展，推出了一系列全国率先之举。
 
　　在对台检验检疫合作机制方面，福建省先行先试为快速通关奠定了坚实基础。福建检验检疫局在大陆率先完成台湾22种水果、13种动物进境风险分析，为国家质检总局调整优化涉台政策提供了依据。该局还率先出台了对台湾地区小额贸易检验检疫管理办法、闽台两岸直接往来检验检疫特殊管理办法，率先成立涉台办和涉台检验检疫标准法规研究中心。厦门检验检疫局成立大陆唯一的“海峡两岸农产品检验检疫技术中心”；与台湾“标准检验局”就扩大闽台两岸进出口商品检验合作并达成3点共识。该局还组织赴台考核29家甲鱼养殖场，实现大陆和台湾农产品基地互认“零”突破。
 
　　对台小额贸易是福建省独有的贸易方式，其法检商品90%以上是农水类产品，保质期短。这一闽台贸易黄金通道的船只经常是早上从台湾出发，下午或者晚上抵达福建。福建省检验检疫部门在各对台小额贸易码头建立了5+2、白加黑的值班制度，不论白天黑夜刮风下雨，一个电话，检验检疫人员就赶赴码头，货物随到随检。
 
　　厦门检验检疫局在全国率先全面实现进出境货物电子申报，为企业减负超亿元，这一“厦门模式”被国家质检总局向全国推广。该局还对进口金门高粱酒实行“集中检验+分拨放行+逐批出证”监管机制，使厦门成为大陆唯一金酒分拨基地；率先对台湾水果推行“一门式查验+一站式放行”检验检疫监管模式，确保了台湾水果在大陆各省新鲜上市。
 
　　福建检验检疫局优先为台资企业办理检疫审批手续，简化对台贸易报检程序，对输台产品即查即放。对输台水产品生产企业、养殖场放宽企业准入要求，暂不实施有关备案、注册等相关管理措施。
 
    目前，福建省进口台湾甲鱼蛋、水果和对台小额贸易的批次、货值均居全国第一，绝大部分都是从福建集散到大陆其他省份。海西正逐渐成为大陆产品进岛和台湾产品登陆的快速通道。