对台小额贸易从最初为大陆台资企业补充机械类配件、原材料发展到工业原辅料、水产品、农产品及日常消费品等各类贸易，由于其灵活性、便利性和有效性，是两岸贸易的有效补充。2009年福建对台小额贸易额达1.3亿美元，与上年同比（下同）增长63.8%。在福州口岸有7个对台小额贸易点，形成入境以马尾、黄岐为主，出境以福清南青屿为主的模式，2009年对台小额贸易为3523.47万美元，同比增长38.8％，贸易量占全省27.1％。
 
    2009年福州口岸对台小额贸易呈现二个特点：一是出境水产品大幅增加。全年福清口岸输台水产品2249.67万美元，比增1.11倍；马尾输台冰鲜、干水产品40批，298.6吨，27.33万美元；黄岐输台干水产品5批，12.37吨，2.17万美元，双双实现输台产品零突破。二是首次入境贸易量下降。福州口岸开展对台小额贸易以来，入境贸易量以每年30％以上增加，但2009年首次出现下降，入境14261.2吨，1273.8万美元，同比下降7％和13.4％。其主要原因是针对机械类配件等产品由原来按重量计税等优惠转为按一般贸易征税，增加了贸易成本。两岸直航的影响和台湾方面政策的不支持也是影响因素。
 
    目前主要存在的主要问题 一是对台小额贸易点大部分港口规模小，基础设施比较薄弱，远离市区，如黄岐距台湾马祖最近距离8千米，小货船航行仅1小时，但距离福州有近3小时路程，而且路途不畅，严重制约了小额贸易发展。二是存在货物申报价格与实际价值不符情况。目前入境以物流式为主，从事小额贸易的单位只起到运输和代理通关的作用，申报商品价格或高或低于实际价值，没有反映真实情况。
 
    为促进福州口岸对台小额贸易发展，福州检验检疫局建议：一是充分利用便利措施政策，用好用活出口农产品减免检验检疫费及相关收费优惠政策、实施企业免于注册、实施免于抽样、抽样先予放行以及采取预先电子申报、物理单证后补、快速核放的便捷放行模式，帮扶企业扩大水产品输台。二是帮扶企业多渠道组织产品输台。充分利用对台小额贸易输台便利条件，开发多种产品输台。三是政府部门加大对港口、道路的基础设施建设力度，提供有利通关环境。四是加强部门联动。各级地方政府、口岸监管单位通力打造对台小额贸易软环境建设。