2009年，厦门检验检疫局围绕大口岸、大通关建设，服务大外贸发展，研发应用口岸电子检验检疫系统，提高通关效率，提升监管水平，业务机制创新亮点纷呈。
 
    厦门检验检疫局启用集中电子审单系统，提供24小时受理报检服务，使信誉好、诚信度高的企业进出口商品通过审单指令，实现快速验放。在这一新型通关模式下，企业报检数据由专门审单部门集中受理，出口电子监管企业从申请报检到通关，不到10分钟，较传统审单管理模式通关提速1/3。实现了部分企业ERP系统与检验检疫电子监管对接，提高申报数据的准确率，做到有效监管、快速核放、快速通关。
 
    充分应用电子手段，研发启用“海港出/入境货物检验检疫电子闸口系统”等8个业务管理系统，通过“信息共享、互联互通”，实现了对所有出入境货物全覆盖全监管，促进港区、堆场与查验有效衔接，大大提高了口岸的查验效率和疫情疫病检出率。在该系统下，只要检验检疫发出指令，码头就可立即予以放行，平均每票货物可节省通关时间2.5个小时，至少可为企业节省交通成本50元、人工成本100元。仅东渡港区每年可为企业节省直接成本3000万元。加上口岸物流实效等间接成本，可为企业减负超过1亿元。
 
    厦门检验检疫局进一步创新监管机制，建立口岸与产地检验检疫协作机制，通过“监管账户”实现出入境货物口岸与产地检验检疫监管的无缝对接。率先出台《分类管理工作规范》，对出口工业产品企业实施分类评定和产品风险等级评价，全面推动出口工业产品分类管理。
 
    同时，优化特殊监管区检验检疫模式，由原来境外入区检疫、境内出区检验的模式调整为以“一线”集中报检及检验检疫、“二线”核销放行为主的监管模式，有效保障入境货物质量安全，实现了“监管有效，方便进出”。