浦东机场综合保税区是我国目前政策最优惠、功能最齐全的海关特殊监管区域之一，封关运作后，上海海关将在区内按照与国际标准接轨的监管服务理念，实施集约化、分类化管理，实现手续简化、通关便捷、物流畅通、运作高效的目标，帮助机场综合保税区与外高桥保税区、洋山保税港区优势互补，实现“1+1+1大于3”的联动发展。
 
    建成后的浦东机场综合保税区将是航空产业、临空产业与保税物流、保税加工联动发展的空运口岸型海关特殊监管区域，海关将整合监管资源，将从前分散在三处的进、出口普货和进出口快件报关厅，以及未来的保税业务报关厅集中到综合保税区公共服务中心内，实现集约化运作。
 
    此外，海关将在区内实施分类通关改革，对配额、许可证实行“一次验证”；对进出境货物、进出区货物、区内流转货物、快件中心中转快件等不同区域的货物采取“程序分列”的管理方法，努力做到手续简化、通关便捷、物流畅通、运作高效，逐步实现与国际惯例接轨；物流监控方面，进出区实行“车辆分道，人车分流”，在货物通道卡口安装电子闸门放行系统、车辆自动识别系统、单证识别系统，以及与H2000联网的电子地磅系统、快件信息系统和视频监控系统；对进出境货物的查验，由区内企业根据海关指令将货物提至查验场实施查验，对进出区货物和直接进出口货物的查验，采用“嵌入模式”，将海关查验嵌入货物商业流动的过程中，减少货物的重复运输，降低企业物流成本；对保税加工实施“以报代备、以查代销”的监管模式；建立企业诚信档案，增强海关执法透明度，引导企业自觉守法经营，营造诚信便利的氛围。
 
    综合区的成立对浦东开发开放的深入进行，推进浦东综合配套改革试点，提升中心城市的集聚辐射能力，促进上海经济发展与加工贸易转型升级具有积极而深远的意义，这也是浦东“三港三区”发展建设规划向前迈出的重要一步。