2009年，国际金融危机席卷全球。面对十分严峻的形势，赣州市国税局坚持科学的税收发展观,充分发挥进出口税收职能作用,服务于中心工作, 用好用足用活国家退（免）税政策，做到管理与服务并重, 有力地促进赣州市开放型经济平稳较快发展。该局积极做好老长贸合同货物退(免)税政策相关工作，将批准的谱赛科(江西)生物技术有限公司等4家“老长贸合同”企业,12154.59万美元出口货物适用原出口退税率,增加出口退(免)税额2350万元；争取对符合条件的脐橙、柑橘加工出口企业实行“免、抵、退”税政策，实现果农创手、企业获利、财政增收、地方创汇 “一举四得”的目的；认真贯彻执行出口退税新政策，增加出口退(免)税额近1亿元，并及时审批办理；积极做好国产设备退税扫尾工作，办理外商投资企业国产设备退税528万元；帮助化解退（免）税税收风险，为95余户次出口企业办理延期申报、金额达2亿元。2009年，全市国税共入库涉外税收收入53568万元，增长5.30%，占全市国税收入的11.24，比上年增加近1个百分点。