口岸运行：
2009年海港完成货物吞吐量1.11亿吨，比增14.37%，完成集装箱吞吐量468.03万标箱，比增-7.04%；海港出入境旅客121.16万人次，比增25.64%，其中厦金出入境119.53万人次，比增32.46%；空港口岸出入境旅客吞吐量145.45万人次，比增1.99%，五通厦金海空联运码头共运送旅客38.89万人次，其中出境旅客19.44万人次，入境旅客19.45万人次，完成货邮吞吐量19.60万吨，同比增长0.29%。
海港口岸开放管理及基础设施建设：
一是配合海沧保税港区指挥部加快海沧保税港区集中查验场地和新建联检报关中心的建设；跟踪和落实市财政下拨海沧保税港区信息平台建设资金；完成了一期软件系统的开发建设、现场软件系统的安装部署，以及系统的内部测试、卡口实车测试及操作培训工作。
二是指导码头企业做好码头口岸配套设施建设工作，海沧保税港区二期工程即14＃－19＃码头泊位的水工主体已基本建成，闽台中心渔港、现代码头工程已完成建设，目前正争取尽快通过省级口岸开放验收。
三是积极推进国际物流中心建设，目前已进入二次装修阶段，正做好各项前期准备及补缺补漏工作，确保东渡联检中心尽快顺利搬迁至国际物流中心。
四是积极参与厦门火炬（翔安）保税物流中心建设协调及软件系统建设业主工作，基础设施和监管设施建设已全面完成，并正式通过了国家验收并封关运作，运行情况良好。
厦门港已开通集装箱班轮航线163条，与世界300多个港口建立业务联系，包括马士基、长荣、中远等世界前二十名班轮公司在厦门港都设有分支机构和代理机构。2009年厦门港已完成货物吞吐量1.1亿吨，比增14.4%，成为福建省首个亿吨大港。
空港口岸开放管理及基础设施建设：
截止2009年底，在厦门航空港口岸运营的国际及地区航空公司达15家，已开通国际航线21条，地区航线4条。航线遍及东南亚、东北亚、美国和欧洲等国家和地区，是华东地区重要的区域性航空枢纽。
（一） 航空产业方面
一是2009年厦门高崎国际机场引进昆明、吉祥、金鹿、香港快运四家航空公司。厦门高崎国际机场每周航班量达到1870班次，部分航线和航班时刻实现了优化、调整。高峰日起降突破350架次，给厦门空港注入新的客货流和繁忙度。
二是
三是
四是主动协同货站及时调整营销方向，将重点转向国内，主动走访货代公司，国内货量持续保持快速增长。。继４月份国内出港货量比上月增长16.30％、进港增长35.10％后，厦门空港货站５月份国内生产形势持续喜人，进出港货量再创佳绩。从9月份起，空港国际货量呈恢复性增长态势，但在货机运力下降情况下，出现无舱位现象，市场运价提高约40%，厦门机场货邮吞吐量低速恢复。
(二)厦门高崎国际机场三期片区扩建
在指挥部组织协调下，各相关驻场单位努力配合，机场三期片区建设进展较顺利。2009年片区在建项目16个，其中新科宇航飞机发动机维修、航空物流园区滨海道路工程、航空物流运营服务中心、航管业务楼、东海救捞局第二飞行基地、五通码头扩建一期、厦门航空港工业与物流园区市政配套工程7个为新开工项目。目前集美大桥高崎侧接线一、二期工程、厦门航空港物流园区港联动区围填工程、厦门机场中新机场管理培训学院、厦门机场航空货运楼及航空快件作用库、五通码头扩建一期、太古飞机第二飞机牵引道工程、鼻子沟综合整治一期工程7项目个已完工。2009年片区完成年度投资6.5亿，完成13亿投资计划的50%。
（二） 厦门新机场的前期选址工作
在发改委、规划局等相关部门单位密切配合下，指挥部加快推动厦门新机场选址工作及厦门高崎机场南侧净空限高调整：2008年12月初和2009年8月，与厦门市规划局共同召开了二次“厦门新机场选址专家咨询会”，邀请有关民航业内专家及领导参加研讨并征询意见；2009年1月和11月，召集民航厦门监管局、民航厦门空管站、厦门气象局研究有关新机场气象资料收集、整合问题，为新机场选址报告提供了相应的气象资料；
推动厦门国际卫生机场和国际卫生海港的创建：
根据《厦门市人民政府办公厅关于成立创建国际卫生机场和国际卫生海港协调领导小组的通知》（厦府办[2008]254）精神，按照国际卫生海、空港的升级标准，厦门市口岸办积极协调业主单位和驻海、空港国检指导单位，从总体目标、组织机构、创建步骤、时间安排、创建内容与要求和相关制度等五个方面制定创建国际海、空港工作方案，确保创卫工作按计划、步骤、标准顺利开展。2009年2月市口岸办分别在厦门空港、海港召开创建国际卫生港动员大会。通过观摩江苏张家港口岸创卫工作宣传片，牵头组织各个创卫主体单位负责人到成都、济南等国际卫生机场进行学习考察，吸取他们成功创卫的经验，进一步提高了创卫工作重要性的认识，切实增强了责任感和紧迫感，确定国检是参与单位，提供技术指导，在市创卫协调领导小组的领导下开展工作。在创卫工作中，各相关单位通力合作，把握关键环节、落实各项举措、着重抓方案制定、抓责任落实、抓工作环境整改，取得了初步成效。创卫工作开展至今主要做了如下工作：
一是成立了创卫工作领导小组；
二是明确责任与分工，成立12个专业技术工作组；
三是组织创卫相关负责人到国内已创建国际海空港的地方进行实地学习、取经；
四是落实创卫工作项目预算和资金审核；
五是创卫各个专业技术小组制定了详细的实施方案及工作进度表；
六是实行“两个例会”的工作机制推动创卫进程。确立了创卫工作例会制度――每月第一周的周三召开各创卫工作组负责人例会和每周工作小组例会制度，定期碰头，汇报工作，并就工作过程中遇到的难点及重点及时进行研究，制定措施。2009年，厦门海、空港创卫工作进展顺利。
安全保障方面：
一是积极采取有力措施，严密防控甲型H1N1型流感。今年4月，甲型H1N1流感全球蔓延。厦门市口岸办在驻海、空港各企业和口岸查验单位的共同努力和密切配合下，密切关注流感疫情动态，积极协同厦门检验检疫局开展防控部署工作，并形成日报制度，对每天来自已发生疫情或疑似病例的国家和地区入境人员进行统计，并坚持向市政府和国家检验检疫总局实行每日检疫报告制度，在防控疫情的国门第一线做出了积极的努力，其工作经验在全国作了典型交流，并受到表彰。
二是协调厦门机场做好年度航空保安审计、航空安全审计工作。在对照标准，制定规章，理顺机制和夯实基础上狠下功夫，大大提高厦门机场各方面的安全保障能力。5月份，厦门机场举行了应急演练，进一步完善了厦门高崎国际机场应急救援计划及预案。 10-11月份，厦门机场均分别高分顺利通过航空安全审计和航空保安审计考核，使本场的航空安全生产和空防保安进入了新的历史水平，实现了安全标准与国际标准的接轨。
三是6月份，厦航获得国际航空运输协会（IATA）颁发的IOSA安全杰出贡献奖。在全球范围内获此殊荣的仅7家航空公司，厦航是北亚地区惟一的获奖单位，也是惟一获得此项大奖的中国航空公司，全亚洲也仅厦门航空和新加坡航空获此殊荣。作为国内最早参加IOSA审计的厦航，在2004年就以“不合格项为零”的突出表现一次性过关，成为全世界第17家获得IOSA注册资格的营运公司。按照规定，IOSA复审每两年进行一次。厦航在2006年和2008年的IOSA复审中分别以“不合格项为零”的骄人战绩连续通过复审。
四是在航空救助能力建设方面上，大力推进交通运输部第二救助飞行队的执勤直升机救助业务，增加临时停靠救护点。同时协调好飞行队勤务大楼工程进度的相关工作，保证按计划组织施工；此外，还按照交通运输部的有关批复，协调做好五缘湾飞行救助基地的工程等建设工作，使保障救助工作有序进行。
对台主要工作
一是加快东渡厦金客运码头改造工作，下大力气协调查验单位优化旅检和货检通关流程，使该码头成为集客运、货运、滚装、国际邮轮为一体的综合性口岸开放码头。实现厦台客运滚装运输新突破，
二是积极拓展厦金海空联运货流，
三是认真做好厦金航线和旅客包机的日常通关协调工作。认真做好台交会、投洽会、台湾农产品展销会、海峡两岸图书会、农业合作项目推介会等大型会议，以及台湾马祖进香团等大型活动的通关保障工作，提供优质服务。
四是协调查验单位建立农产品、果蔬产品“绿色通道”快速通关机制，实行“快速申报、快速查验、快速放行”，确保台湾农产品“零滞港”。努力推动澎湖客货运直航工作。
五是协调查验单位积极推动“两门航线包裹业务”，同时开通厦金航线“生命救助绿色通道”，经两岸交流协会、两岸红十字会的共同配合，至今已有若干名病患通过厦金航线中转返台就医。
六是推动台海中线截弯取直，南线新航路于
七是切实推进信息平台建设。推动电子口岸4月与台湾关贸网进行沟通，签定了合作协议，目前两岸平台互联技术工作已完成，并与高雄港开往厦门船舶的相关信息进行了两次成功对接传送。
八是强化厦金直航的安全意识，落实各项安全措施，加强航道管理与维护，配合海事局与金门共同制定《厦金海域海事救助方案》和组织了海峡两岸海事救助演练。
九是厦金大桥已完成预可建设工作。
优化口岸通关环境：
一是加大口岸协调力度，协调查验单位认真落实国家部委支持海西建设的各项政策和措施。厦门海关出台15项帮扶措施，检验检疫局出台10个方面具体措施，为外经贸企业提供通关便利；边检总站推出“六项便利措施”，进一步方便广大旅客和交通运输工具出入境；海事局取消５项行政事业性收费，对两岸直航船舶和重点物资运输船舶开辟绿色通道。
二是协调查验单位推行“异地报关、口岸放行”的快速通关的转关模式，以及口岸集中查验和上门验放的便捷措施，解决内地和口岸之间异地通关限制问题。
三是认真做好“大通关”工作，加强东渡、海沧联检中心和邮轮中心的日常协调工作，及时解决现场出现的通关问题。
四是配合厦门海关做好出口货物分类通关改革试点工作，通过计算机系统对守法诚信企业的低风险报关单进行自动审核放行，使海关单证作业速度提高一倍，作业时间缩短7－8分钟，极大提高货物的通关效率。
五是推动国际卫生海空港的创卫工作，协调成立了领导小组，实行工作例会制度，推动了创卫的进程。
加快电子口岸建设：
一是逐步将福建电子口岸服务口岸物流在厦门试点成熟项目推广覆盖到周边地区。
二是推进电子口岸IC卡网上审核系统在数据分中心和厦门市工商局现场进行测试并通过，目前正在进行一些操作、界面等细节上的修改完善工作。
三是完成了电子关锁系统二期推广建设和海沧保税港区信息平台一期软件系统的开发、测试等工作。
四是完成了海铁联运信息平台外部用户网站部分的前台首页开发，目前正进行箱管模块的代码开发。
五是与台湾关贸网进行了沟通对接，就通过两岸大通关平台的互联合作达成了共识，目前两岸平台互联技术工作已完成，两岸三通信息平台已初步建成，并开始在厦金航线上试运行。
