2009年，上海检验检疫局始终围绕国家质检总局的工作要求，以健全监管机制为主线，以加快信息化建设为抓手，稳步推进上海口岸进出境集装箱检验检疫的各项工作，全面支持上海国际航运中心建设。受金融危机余波的影响，全年，上海检验检疫局共受理进出境集装箱报检723.91万标箱，同比下降16.34％；查验219.59万标箱，同比下降11.90％；共检出携带疫情及有毒有害物质等检疫不合格集装箱91,205标箱，同比下降0.62％，检出率为4.15％，其中重箱55,208标箱，空箱35,997标箱；受理适载检验集装箱43,895标箱，同比减少19.48%，其中，一次性检验不合格42标箱，同比增长5%。
 
    一、以抓源头管理为主导思想,积极研究进境空箱检验监管新模式。
 
    上海检验检疫局本着“严格把关、高效执法、与时俱进”的理念，以总局检验司布置牵头撰写《承运人管理办法》任务为思路，积极探索，对进境空箱持箱人管理模式进行了深入的研究和实践，逐步从源头抓管理。通过近一年的努力，已完成了《上海口岸进境空箱持箱人管理办法》（试行）的起草工作，并对马士基轮船、以星轮船等几家大型箱属公司及其进境空箱业务开展了登记备案管理的试点工作。新的监管模式将充分调动箱属公司的积极性和主动性，综合利用港口、集装箱协议堆存场站等现有的设施和资源，既保证了对进境空箱的有效把关、严密监管，又能在可控的基础上便捷通关、减少费用；对不同诚信的企业引入分类管理理念，大大优化了上海口岸进境空箱的监管手段。
 
    二、以大力推进信息化建设为切入点，逐步完善出境集装箱检验监管模式。
 
    为进一步完善出境集装箱（适载）检验监管模式，不断优化检验环节，服务外贸企业，上海检验检疫局在国家质检总局开发的“全国进出境集装箱检验检疫电子监管系统”总体推广要求下，结合地区实际情况，推出“出境集装箱（适载）检验电子监管系统”。新的电子检验监管系统能切实加强对适载检验场站的有效监管，利用信息化手段简化流程，使检验信息与检务核销信息互通；真正实现“无纸化”操作，减少了企业为纸质单证传递造成的交通、通讯费用。通过在下属四个集装箱场站的试点成功，系统的场站端已于2010年1月正式投入使用。该系统在信息传递、监管力度、服务质量方面比以往有着不可比拟的优势，很好地适应了“提速、减负、严密监管”的大通关要求。同时，上海检验检疫局申报的《出境适载检验风险分析》课题已获得2010年总局科研项目，将在检验标准、监管模式、电子化运用等方面进行更深入的学术研究，进一步推动集装箱适载检验工作的发展。
 
    三、以服务企业和地方经济为目标，大力支持上海国际航运中心建设。
 
    2009年度上海口岸集装箱吞吐量虽呈持续下滑局面，但因周转率下降，进境空箱长期囤积在港区。针对这些情况，上海检验检疫局主动赴上海国际港务（集团）股份有限公司开展深入调研，了解企业困难，从现有进出境集装箱及货物的检验监管模式，查验场站等口岸集中查验方式，放射性检测、视频监控等辅助监管设施建设等多角度研究应对策略，在严格把关、有效监管的原则下，采取各类有效措施大力改善上海口岸通关环境，以简化集装箱及货物的通关环节、降低物流费用为手段，支持上海、辐射内地，帮助进出口外贸企业及港航单位共渡难关，支持上海国际航运中心的发展和建设。