据上海口岸2009年度船舶动植物检疫情况分析表明，在全面防控甲型H1N1流感工作的同时，各分支机构仍时刻不忘加强对船舶动植物疫情的检验检疫工作。
 
    上海口岸全年检疫来自动植物疫区船舶共22094艘次。虽然同比下降了4.44％，但在检疫过程中，对船舶上来自动物肉类封存共计566艘次，计31438公斤，较上年增加28.35%。对船载动植物源性废弃物和其他垃圾实施检疫处理的次数为6853艘次，较去年增加了近3倍。采集豆面类、果蔬、垫舱木样品计424件，销毁船舶携带的豆类产品31艘次。捕捉虫样443件，经实验室鉴定，截获的危险性有害生物66批次，其它类有害生物372批次。
 
    2009年度上海各口岸不同程度地加大了对船舶动植物的检疫。外高桥口岸全年共实施封存209艘次，较去年增加了44.13%。崇明口岸也在船检中截获危险性有害生物12批次，有害生物的截获率也达到20.17%。吴淞口岸一直把船舶动植物检疫作为船舶检疫的重要内容之一，全年截获船舶有害生物258批次，对动植物废弃物实施消毒2196艘次，并对两艘违反动植物检疫法规的船舶实施了行政处罚。