2009年，杭州检验检疫局在加强对进口商品检验检疫监管的同时，积极帮助企业对外索赔，减少经济损失，截至年底共出具各类索赔证书397份，总货值高达7434.5万美元。在对外索赔的货物中，进口棉花因短重、品质等问题占了很大的比例。2009年，杭州局共对73批次、总货值达3498万美金的进口棉花出具品质、重量证书148份，为企业结算和索赔提供了重要依据。进口织物在数量和品质方面也存在较多问题，在出具的19份进口织物索赔证书中，有半数以上存在布面缺陷、货物与合同不符等品质问题。
 
    为了使企业对外换取合格货物，争取短少货物，退运、返修不合格货物，杭州检验检疫局还签发了各类通关证书，涉及货物大多为进口设备，大宗器械等价格昂贵、技术含量高的产品，总货值高达3612.8万美金。在外贸总量比08年明显降低的情况下，此类索赔货值比08年同比增长54.6%,为相关企业挽回了巨大的经济损失。
 
    此外，2009年杭州检验检疫局还出具了《检验检疫处理通知书》，对进口的不合格产品分别作出了销毁、退运等处理。