两岸“大三通”开启一年多来，南通港与台湾港口之间两岸直航往来频繁。据南通海事局统计，2009年南通港累计进出直航船只130艘次，货物吞吐量达83万多吨。
 
　　2008年12月15日，两岸海运直航启动，南通港被列入江苏12个首批对台直航港口之一。2009年2月6日，首艘直航船只“万年青”轮顺利抵港后，南通港对台直航贸易往来就呈现出繁荣趋势，仅二、三两个月就有43艘次直航船只靠泊，吞吐量达27万多吨，货物品种主要为化工品、水泥熟料和钢材。去年二季度，直航船只货物吞吐量有所回落，但到三、四季度，随着航运市场复苏，南通港对台直航船只艘次及货物吞吐量双双保持稳步增长。