上海检验检疫局按照“立足本职、服务大局、不辱使命、有所作为”的十六字世博会工作指导方针，紧紧围绕检验检疫世博会保障工作，明职责，强责任，组队伍，建预案，抓服务，促成效，全力为上海世博会“成功、精彩、难忘”提供坚实的检验检疫服务和保障。
   一是健全组织机制。为进一步强化世博会检验检疫保障工作组织领导，上海检验检疫局成立了由局长担任总指挥的“上海检验检疫局世博会保障指挥中心”，下设11个工作组及1个综合协调办公室，协调组织各项保障任务，具体落实指挥中心的各项工作指令和应急事件处置。
   二是强化保障能力。上海检验检疫局指定国际机场检验检疫局和浦江检验检疫局负责世博会出入境交通工具、人员及携带物的检验检疫工作，在世博会物流中心“一站式”服务启动之前，由浦东局集中办理世博会进境物资的检验检疫；成立上海检验检疫局世博会园区办事处（临时机构），将入驻世博会园区提供7×24小时全天候“一站式”检验检疫服务；上海检验检疫局11个工作组组织人员队伍，大力开展检验检疫业务保障培训、应急预案演练、世博会礼仪、外语小语种等培训工作。
　　三是提高口岸突发事件的处置能力。上海检验检疫局制定了8个应急处置预案，组建“上海检验检疫局世博会保障应急行动队”，随时处置口岸突发公共卫生事件、口岸核和辐射突发应急事件、口岸进口危险化学品突发事件、口岸生物类突发事件、进口食品安全突发应急事件、口岸食物中毒应急突发事件、进出境动植物检验检疫应急突发事件等。
　　此外，上海检验检疫局还推出了保障世博会检验检疫服务承诺：在出入境口岸为世博会人员设立专用通道，设立世博会物资专用报检窗口，对世博会物资提供7×24小时服务，在世博会园区提供全天候“一站式”检验检疫快捷服务，开通检验检疫世博会咨询服务网页和电子邮箱。
    据悉，从2008年9月首批世博会物资进境算起，截至今年7月底，上海检验检疫局已为58批世博会专用物资提供了检验检疫保障，货值达1144万美元。