60年代，由于中苏关系恶化，满洲里海关的工作陷入了一个历史性低潮时期。文革时期，满洲里关的领导体制被下放到最低点，归满洲里市革委会管理。当时海关的工作方针由经济政治保卫变为政治经济保卫，满洲里关的征税统计工作被迫中断，监管工作正常进行，主要是揭发检举货运事故。

党的是十一届三中全会后，全国工作重点转移到经济建设，满洲里海关工作也随之发生重大变化。1982年后，满洲里口岸成为我国对原苏联贸易的主要渠道。1992年，随着满洲里市被国务院批准为延边开放城市，满洲里海关业务量随之急剧增大，各项工作步入规范化轨道。2002年6月，在上海召开的全国口岸大通关会议上，把满洲里口岸列为国家优先发展、重点建设的13个口岸之一，其中，满洲里铁路口岸是重点建设的两大铁路口岸之一。

进入21世纪的满洲里海关积极贯彻科学治关理念，忠实履行把关服务职责，全面准确、创造性地落实海关工作16字方针，业务工作不断整合创新，综合治税大格局初步形成，严密监管与高效运作深入融合，税收征管、打击走私等工作成效显著。

进入21世纪的满洲里海关积极贯彻科学治关理念，忠实履行把关服务职责，全面准确、创造性地落实海关工作16字方针，业务工作不断整合创新，综合治税大格局初步形成，严密监管与高效运作深入融合，税收征管、打击走私等工作成效显著。为适应“大通关”建设，满洲里海关不断转变观念、换位思考、改革创新，坚持以服务地方经济发展为己任，自觉融入国家经济发展的大局，树立“口岸兴、地方兴、海关兴”的共同发展理念，对进出口货物实施顺势监管，尊重物流发展规律，对守法企业实施便捷通关措施。充分发挥钴―60货运列车在线检测系统、H986集装箱检查系统等高科技设备的效能，实现了对进出境货物、运输工具的实时监控，彻底改变了陈旧的监管模式，强化了实际监管，堵塞了监管漏洞，有效地提高了通关速度。满洲里海关还将风险管理机制引入进出口货物的通关、查验环节，适时调整工作流程和监管方式。此外，积极打造便捷的“通关高速路”，对进口的原油、化肥和出口的汽车、果菜等设立 “绿色通道”，确保货物“随到随申报，随报随查验，随验随放行”，实现了“无障碍”通关，进出口货物的通关速度大大提高。多年的改革实践，满洲里海关各项业务指标成倍增长。2003年，监管货运量首次突破1000万吨，到2007年已突破2400万吨；税收入库则从2003年的20亿元跃升为2007年的79亿元，实现了历史性跨越。2008年，满洲里海关各项业务指标继续刷新，1―7月份，税收入库已突破60亿元，预计年底过百亿。

在此基础上，满洲里海关严格落实队伍建设12字要求，强调“抓好班子团结、带出队伍活力”，注重激发广大关员无限的创造力，营造和谐积极的工作氛围，关员的政治业务素质大幅提高，精神风貌焕然一新。

与此同时，边关的工作环境也发生了较大变化。2003年之前满洲里海关使用的办公楼是满洲里地区最早建设的楼房之一，随着海关人员的不断增多，办公环境较拥挤，90年代通过“楼房嫁接”的方式扩大了办公空间，仍不能满足办公需要。2003年，满洲里海关新办公楼和关员单身宿舍同时启用，并在随后的几年里，建成了满洲里海关体育馆，边关人的工作生活环境得到有效改善。同时，地处偏远的阿日哈沙特口岸、室韦口岸、黑山头口岸在总署党组关怀下，也先后盖起综合楼，让边关人倍加感动，备受鼓舞。

满洲里海关的百年历史，是一部艰苦奋斗、无私奉献的创业史，是一部前仆后继、呕心沥血的建设史，更是一部团结拼搏、继往开来的发展史！新的历史时刻开启新的发展征程，满洲里海关在“把关”与“服务”齐抓并举的基础上，将以更加饱满的热情、更加坚定的决心、更加过硬的作风投入到国家建设的大局中，“提高通关效率、强化有效监管、服务地方经济、促进贸易发展”成为满洲里海关新时代的主题曲。