满洲里海关是中国陆路口岸最早设立的海关之一，从1908年设关至今，已走过百年的风雨。

目前，满洲里海关是全国唯一设在县级市、纬度最高的直属海关。业务管辖范围包括内蒙古自治区的呼伦贝尔市、兴安盟、通辽市和赤峰市，辖区面积45万平方公里。辖区内中俄、中蒙边境线长1819公里，其中，中俄边境线长1812公里，中蒙边境线长807公里。关区内有一类口岸6个，分别是满洲里铁路口岸、满洲里公路口岸、阿日哈沙特口岸、海拉尔航空口岸、黑山头口岸、室韦口岸，二类口岸3个，分别是额布都格口岸、阿尔山口岸以及二卡口岸。其中满洲里铁路口岸是全国最大的铁路口岸，也是中俄贸易最大的通商口岸，承担了中俄贸易60%的货运量。

百年前，满洲里地区是一片广袤的草原，被称为“霍勒金布拉格”，蒙语的意思是旺盛的泉水。满洲里海关设关源于一个不平等条约，即1896年6月李鸿章与俄签订的《中俄御敌相互援助条约》，允许俄国修筑从俄赤塔到中国绥芬河附近的中东铁路，从1897年铁路动工到1903年正式运营，满洲里地区的外贸活动逐渐增多，直到1908年正式设关。当时，关税自主权和海关管理权完全掌控在外国人手中，海关成为帝国主义进行经济掠夺的工具。辛亥革命后，清政府结束统治，帝国主义夺取了海关税款收支权，中国海关主权完全丧失。值得一提的是1930年欧亚航空公司满洲里――伊尔库斯科航线开通，海关开展国际邮件监管工作，成为满洲里口岸国际航空监管业务的始祖。九一八事变后，日本侵占了东北三省，1932年6月26日满洲里分关被伪满洲国接收，开始执行伪满洲国财政部的政令和税则，直到1945年，苏年红军进驻满洲里，日本战败投降，其间长达13年的时间满洲里分关处在日本人统治的黑暗时期。进入解放战争时期，东北民主联军西满军区驻满办事处接管了满洲里海关的业务管辖权。1949年1月3日，人民政权下属的满洲里关税局正式成立，承担了中苏进出口货物的监管征税任务，有力地支援了全国的解放。

进入社会主义建设时期，满洲里海关发生了翻天覆地的变化，伴随着中华人民共和国的诞生，海关总署成立，海关的主权真正掌握在自己的手里。1950年，满洲里关税局改称满洲里海关。同年2月，满洲里海关开始对进出境旅客行李物品和进出口货物进行监管。50年代初，由于帝国主义阵营对中国经济进行封锁和禁运，我国各海关的监管业务微乎其微。在那段特殊时期，中苏铁路实现联运，满洲里口岸进出口货运量急剧增多，大量的生活物资、军用物资及大型设备在满洲里口岸通关，为抗美援朝战争、国民经济恢复和社会主义建设做出巨大贡献。1952年――1955年，满洲里关监管的进出口货运量位居全国海关第一位。其中，1955年监管货运量曾一度达到418万吨，相当于上世纪90年代末年均监管货运量。在那段特殊的历史时期，响应“干部支援边疆”的号召，山东、辽宁等地海关分别派员支援满洲里关。仅1950年一年，调入满洲里关的人员达72人。1955年，为筹备集宁、二连浩特关建关，海关总署从各地海关选调67名干部到满洲里关接受培训，根据上级“老关支援新关、新关照顾老关”的指示，由上级决定将调来学习的16名干部留在满洲里关工作。这些留下来的干部带着一份对党、对国家赤诚的情感来到满洲里，带着时代赋予的衷心和诚挚，带着视死如归、感天动地的豪情，不断适应艰苦的工作环境，踏实安稳的工作于此，并在此组建家庭、落地生根。他们到了满洲里关后发挥各自的才干，在1964年自发研制了一台整流式X光机人身检查仪，可以检查出旅客随身藏匿的一些走私物品，相当于我们现在使用的电子门，成为满洲里关最早的“科技设备”。通过这台设备，满洲里关查获了旅客进境携带藏匿不报的羚羊角、手表、鸦片等。