7月1日上午举行深圳湾口岸开通仪式后，深圳湾口岸各查验单位和口岸管理、服务保障部门立即做好口岸正式开通的各项准备工作，确保了深圳湾口岸于18：00时正式开通启用。从首日通关情况看，口岸各项查验监管理设施设备运行正常，出入境旅客、车辆通关安全畅顺。7月1日通关6个小时，出入境旅客共5,531人，其中入境3,060人，出境2,471人；出入境小车362辆，其中入境208辆，出境154辆；出入境货车4辆，其中入境3辆，出境1辆。

15：30时，市口岸办曹绍业主任、王铁良副主任和西通办李荣强副主任带领深圳湾海关、检验检疫、边检、口岸办、口岸管理服务中心的负责人和有关人员与香港保安局朱经文首席助理秘书长率领的港方口岸相关部门人员在联检大楼深港分界线处进行了简短而热烈的港方口岸区的交接仪式。16：30时，曹绍业主任主持召开了有深圳湾海关、国检、边检站、建筑公务署、城管局、西通办、口岸管理服务中心、南山交警大队等单位负责同志参加的正式开通准备工作会议。在听取各单位通关准备工作情况汇报后，曹绍业主任就如何确保深圳湾口岸18:00时准时正式开通及今后工作提出了明确要求。会后，各相关单位分别按照各自的工作职能，展开了周密细致的查验及服务保障的准备工作。18：00时，深圳湾口岸正式开通，24：00时关闸，口岸运行6小时，各查验单位的查验监管设施设备运转正常，通关安全顺畅。

口岸各查验单位和服务保障人员共上岗489人，其中海关旅检、货检、技术保障、后勤保障及宣传人员上岗207人；检验检疫旅检、货检、稽查、财务人员上岗73人；边检上岗执勤民警126人；口岸管理服务中心供配电、空调、电梯、消防、保安、保洁人员上岗83人。

海关开通入出境小（客）车检查通道各10条（小车通道8条，大巴通道2条）；货运通道38条，其中入境通道一道15条，二道8条；出境通道15条。

边检开通入出境小（客）车和货车检查通道各10条。旅检大厅入出境人工验放通道各11条，入出境自助通道各10条。

检验检疫现场查验入境旅客有4人次体温监测报警，其中3人次经排查放行，1人次携带物升高。携带物品过X光机21批次，其中有5批次水果，1批次泥土，均做无害化处理。

口岸供配电、空调、电梯、供排水设施设备运行正常。口岸外围交通接驳车辆按时到位，首日各项工作顺利安全。