按照深港协调小组达成的共识，深圳湾口岸开通初期通关时间为6：30时至24：00时，运行17.5小时，7月2日是深圳湾口岸正常通关的第一天。

早上6：30时深圳湾口岸准时开闸，各查验单位和服务保障人员已按时就位，海关、检验检疫、边检采取上足人员，开足通道等措施。从当天旅客和车辆通关情况看，在旅客、车辆出入境高峰时段，未出现拥堵，通关秩序井然，安全顺畅。7月2日，出入境旅客达35286人次，其中入境旅客16543人次，出境旅客18743人次；出入境小（客）车达1293辆次，其中入境车辆701辆次，出境车辆592辆次。

海关监管出入境车辆1258辆次。其中出境车辆582辆次，入境车辆676辆次。旅客行李过机查验3500多件，过安全门检测5人次，开包查验35件次。查获禁限印刷品6份，其中：东方日报4份，太阳日报1份，新报1份。申报出入境车辆均为客运车辆。因无货运车辆进出，无进出口货运预申报数据。检验检疫截留携带物品8批次。

口岸外围公共交通接驳车辆已经开通了深圳湾口岸至机场、世界之窗、梅林关等多条线路，的士车已在指定位置接送旅客。虽然出入境旅客比1日增加3万多人次，但由于各项工作准备充分，确保了口岸通关的安全畅顺。