1950年1月28日，中国人民解放军广州市军事管制委员会海关处根据海关总署关于改订全国海关名称的决定，发布命令，将九龙关改名为中华人民共和国九龙海关，由海关总署和广州市军管会海关处双重领导。2月22日，海关总署任命赖田为九龙海关代关长，驻深圳办公；张中炜等人为代副关长，驻香港办公，负责保护原九龙关在港关产。
2月，撤销在香港境内的西环、油麻地、九龙车站支关，其员工除自动离职外，均陆续内调。6月15日，留港的20艘缉私艇驶回广州，移交给华南财委海关处，华南缉私舰队随之自然撤销。10月，撤销九龙海关驻香港办事处属下所有机构，只留下少量工作人员负责调查物价和保管在港关产。
随着缉私及征税工作的开展，九龙海关对下属沿边支关进行了多次调整。至1950年6月，九龙关共设有三门、南澳、沙头角、莲塘、文锦渡、深圳车站、蛇口等13个支关，部分支关属下还设有支所。同年8月15日，撤销了7个支关，关员调回总关，其缉私工作改由关警队负责。1951年2月，广东省人民政府加强对边境管理，沿边的查私工作改由边防部队负责。8月，总关成立了保卫科。
1953年2月，九龙海关增设进出口科，负责外贸管理业务；次年7月，成立行李检查科，同时派出工作组长驻沙头角、东区及铁路沿线开展查私工作。1955年5月，机构调整后的九龙海关共设有货运监管、行李邮包、查私、人事、保卫、财务、办公室等7个科室和文锦渡支关、蛇口监管站。
1956年3月，广东省人民政府转发《国务院关于调整各地海关任务和领导关系的通知》，确定九龙海关受对外贸易部海关总署和广东省人民政府双重领导。
五十年代的深圳城区范围很小，也没有什么像样的建筑，艰苦的环境对关员们是一次严峻的考验。其中，蛇口监管站不仅距离深圳路途遥远，而且交通极为不便。据退休的老关员回忆，当年的蛇口除了老码头附近的小渔港和少量蚝民居住点外，周围都是一片光秃秃的荒滩野岭。工作人员住的是老码头一幢年久失修的破旧小楼，好几个人挤一间房。夏天这里蚊虫肆虐，工作人员经常被咬得全身红肿。没有蔬菜供应，工作人员就自己动手，在宿舍附近植土种菜；工作人员还和渔民一起到海里捕鱼，到野外抓蛇、打鸟来改善生活。当时从蛇口到深圳只有一条弯弯曲曲的狭窄土路，下起雨来遍地泥泞，从蛇口搭乘汽车到现在的罗湖口岸位置，路上就要花费5个小时。即便如此，工作人员常常还是需要步行走路。曾有工作人员晚上9点从蛇口出发，翻山越岭到达现罗湖口岸的位置时已经是太阳当头的第二天中午了，两条腿累得几乎失去了知觉。
就是在这样的条件下，九龙海关工作人员不计个人得失，默默奉献着青春和汗水。新中国成立初期，九龙海关在深圳迅速建立起一批海关办事机构，为连接香港和内地战略物资运输上发挥了重要作用。
