2007年，深圳口岸工作的指导思想是：认真贯彻落实党的十六届六中全会精神和市委市政府的工作部署及上级有关口岸工作的指示，围绕建设和谐深圳效益深圳和国际化城市、国家创新型城市的奋斗目标与发展思路，以“两通”（深圳湾口岸和福田口岸于7月1日前开通启用）、“两改”（皇岗和文锦渡口岸旅检场地改造）为重点，以提高通关效率和服务监管水平为目标，切实转变工作作风，狠抓各项工作的落实，确保口岸安全畅通。
根据以上指导思想，重点抓好六个方面的工作：
一、强力推进深圳湾口岸和福田口岸开通运行的各项准备工作，确保新口岸按计划启用与老口岸改造工程的顺利实施
一是要按照市委市政府的要求和深港联合协调小组确定的各项工作的进度，重点做好口岸查验单位落实口岸运行中各个环节的准备工作；要与港方密切协同，妥善解决好“一地两检”中口岸管理运行中的一系列问题；要抓紧对深圳湾口岸和福田口岸管理新情况、新问题的研究；各口岸查验单位要加强协调配合，努力克服困难，坚决完成好各项筹备工作任务，确保两个新口岸于2007年7月1日前正式开通。二是要抓紧推进皇岗口岸的改造工程。口岸单位与施工单位要加强协同，抓紧改造工程的全面开工，同时，跟进解决好施工过程中的相关问题，力争年底完成出境方向主要工程的改造任务。要抓紧按计划推进文锦渡口岸旅检场地的改造工程，抓紧做好施工前的各项准备工作，力争年内动工。三是要配合有关部门积极推进莲塘口岸的规划工作。
二、高度重视通关疏导工作，确保口岸安全畅通
重点做好皇岗口岸旅检场地改造期间的人员、车辆疏导工作，防止因工程改造影响通关的现象发生。继续坚持并完善口岸联席会议制度，形成全市和各口岸两级定期召开联席会议的机制。同时，继续加强与港方的联络和沟通，加强深港两地口岸查验单位间深层次、多渠道的合作。特别要加强对重大节假日皇岗、罗湖口岸的通关疏导工作，切实加强组织协调。要按照处理口岸突发应急事件的方案，组织好有关培训和演练，提高处理口岸应急突发事件的能力。要进一步加强口岸区域维稳和综治工作的组织领导，确保口岸安全稳定和畅通。
三、适应深圳“以港强市”发展需要，加强海空港口岸对外开放工作
进一步推进海空港口岸对外开放，完成东西部两个港区新建泊位的试运行工作；实现大铲湾港区建成后按期对外开放；做好友联船厂搬迁后的口岸查验和监管工作；结合深圳港水域与香港相连的特点，积极研究并推进深圳与香港水上安全管理一体化的工作；加强对空港口岸的协调工作，争取实现空港口岸查验全天候通关；按照市政府要求牵头负责大鹏半岛旅游口岸的选址、规划与设立工作。
四、推进和完善口岸通关改革，提高口岸通关效率
全面整合海关现行各通关改革项目和管理系统，推动风险管理在海关监管各领域、各环节的应用，加快建设现代海关制度的步伐；继续扩大“客户协调员”制度的实施范围，将实施企业由目前的60家扩大至120家，进一步提高服务和监管水平；实施加工贸易流程再造，完善电子帐册管理，最大限度减少繁琐的手续性工作，节省人力资源，以加强监管的有效性。做好新一代电子检验检疫的开发应用，加强对禽流感等疫情的防控工作；加强供港澳鲜活、冷冻、敏感商品和高风险进出口商品的检验检疫工作，做到万无一失。继续推进深圳边检在陆路口岸全面实施旅检 “自助式” 通道，组织对自助通道系统和“快捷通”系统进行升级完善，提高旅客和车辆的过关速度。持续改进和完善水上交通安全长效管理机制，尽快建成先进、高效的港口支持保障系统，积极营造安全、和谐、洁净的水上交通安全通航环境。加强对特区管理线新情况新问题的研究，协调解决新设检查站过程中的问题，保证新设检查站按市政府要求按期开通。按照国家口岸管理办公室的要求，筹备并组织好全国口岸办主任会议，确保会议圆满召开。
五、加强口岸管理，优化口岸环境，努力建设和谐口岸
口岸各单位要运用多种形式，深入开展共建文明口岸活动，推动活动深入发展。重视抓好口岸中心转企后口岸、检查站各项管理服务工作的落实，不断提高服务和管理水平。加强对新建口岸管理工作的研究，创新管理模式。继续抓好口岸环境的综合整治，重点整治户外广告和口岸区域的通关秩序，严厉打击“蓝牌车”拉客和小车跨境非法营运现象，进一步净化、优化口岸环境。加大对口岸物业管理条例的宣传和执行力度，严格按照《深圳经济特区陆路口岸和特区管理线检查站物业管理规定》实施管理，加强口岸物业的管理，坚决纠正违法违规占用口岸物业的行为，制止滥用口岸资源的现象。
六、大力加强口岸队伍自身素质建设，展示口岸队伍的良好形象
要按照鸿忠书记在市委四届五次全体（扩大）会议和宗衡市长在市政府四届五次全体（扩大）会议上对全市各级干部提出的转变作风、端正风气的要求，狠抓口岸系统的班子建设和干部队伍建设，把大家的心思凝聚到干事业上，把精力集中到办实事上，把功夫下到抓落实上，在真抓实干中开拓前进。要继续按照市政府1+6文件的要求，狠抓工作效率的提高，按“精干的队伍”和“精湛的业务”的要求，大力培养依法行政、依法监管的高素质口岸队伍。要加强党风廉政建设，加大督察监督力度，做到干净干事，杜绝腐败现象。要深入开展为民便民教育，进一步树立公仆意识、责任意识、为民意识和便民意识，以一流的素质、一流的服务展示口岸队伍的良好形象。
