根据欧盟新发布的第1664/2006号指令，自2007年5月1日起，输欧水产品、双壳软体贝类及蜂蜜等输欧动物源性产品将启用新版健康证书。
        就该指令中附件六第四部分提到的《适合人类食用的进口水产品健康证书模版》来讲，证书分收发货人详细情况、证书内容及注释等三个部分，与老版本相比，存在以下几个方面的特点：
        第一部分，虽然在内容上没有太多的更改，但采用了列表的形式，更加直观地体现了进口货物的相关信息。
        第二部分，调整了有关水产品捕获、处理、加工、冷冻、解冻、包装、储存、运输、标识等内容的适用EC指令，新增了出口水产品生产企业必须执行HACCP体系要求的EC指令，同时对养殖水产品增加了有关疾病控制的内容，规定那些易受ISA(传染性鲑鱼贫血)或EHN(地方流行性造血器官坏死症)感染的品种是来自无ISA、EHN区域，易受VHS（病毒性出血性败血症）或IHN（传染性造血器官坏死症）感染的品种是来自无VHS、IHN区域等等。
        第三部分，对第一、第二部分的相关内容进行了注释，如对第一部分的原产区域、原产地以及HS编码适用范围等内容进行了详细的说明；对第二部分提到的ISA、EHN、VHS、IHN等四种病的易感染品种进行了详细的列举，如易感染ISA的有大西洋鲑鱼，虹鳟鱼，易感染EHN的有红鳍淡水鲈鱼、虹鳟鱼，易感染VHS的有大西洋鳕鱼、大西洋鲱鱼、虹鳟鱼等十几种，易感染IHN的有虹鳟鱼、太平洋鲑鱼等几种，并指出无病区与否是根据欧盟91/67EEC、2001/183/EEC,2003/466/EC等指令或者OIE的规定来确定的等等。
        新版本《适合人类食用的进口水产品健康证书》的启用，将对出口水产品特别是养殖水产品检验检疫工作提出了更严格的要求。