为扎实推进“合理配置口岸管理资源，提高口岸整体通关效能”课题调研，尽快提出沿边口岸的人员编制标准和口岸配套设施补助资金分配标准体系，内蒙古口岸办于2006年11月21日至12月3日围绕“口岸查验配套设施建设”和“口岸查验机构设置和编制管理”两个课题，邀请国家口岸办领导及自治区相关部门组成两个课题调研组，分赴云南、广西、新疆三省（区）进行实地调研，三省区对调研工作给予了大力支持和帮助。
        在调研过程中，调研组先后走访了云南省德宏州、红河州，广西凭祥及新疆伊丽州、博乐州、咯什地区、克孜勒苏柯尔克孜
自治州的主要口岸，实地考察了云南省瑞丽、畹町、章凤、盈江、河口口岸；广西友谊关口岸；新疆阿拉山口、霍尔果斯、红其拉甫、卡拉苏、吐尔尕特、伊尔克什坦等口岸的基本情况，并就当地口岸发展、口岸课题调研等方面的情况及存在的问题与省（区）口岸办、联检部门及口岸所在地政府、口岸办和联检部门有关领导进行了座谈。
        通过座谈和实地考察，调研组了解到一是沿边省区普遍存在着边境线长，口岸比较密集，基础设施简陋，自然条件差，后期资金投入不足，特别是国家对口岸建设资金基本没有投入，编制紧张，现有人力以及口岸基础设施和查验部门办公、生活条件难以适应口岸数目增加和口岸客货运量增长的需要。尽管沿边口岸存在的问题基本相同，但口岸建设和管理模式的特殊性问题要大于共性问题，西北、西南、东北地区沿边口岸的建设和发展都有自己的特殊性。在沿边口岸中深入贯彻分类指导的原则更为重要。二是一些沿边口岸开放的政治需要大于经济发展需要，为政治和外交服务是政治性口岸的第一任务。比如，新疆口岸因地理位置特殊，口岸距离城镇较远，口岸运行成本高，除阿拉山口、霍尔果斯几个口岸以发展经济为主外，其它口岸所在地的地方政府主要精力多用于缉毒、缉枪、维护边境稳定，口岸对当地经济发展贡献不大，地方对口岸建设投入较少，一些口岸处于自然发展状态。三是口岸管理体制还不完善，条块分割严重，协调不力。由于我国边境线长，周边国家的发展水平、资源条件、产业体系与市场环境、政策条件等各不相同，同时我国口岸的情况也因地而异，口岸管理体制也不尽相同。口岸工作多头管理，缺乏相互协调配合，资源难以整合并达到共享，严重制约着口岸的快速通关及发展。四是双边政策变化大、对接难，口岸对区域经济支撑力度不够。周边国家都处在经济转型期，市场发育不充分，政策法规不健全，贸易法规变化大，影响双方经济贸易的稳定发展。例如：缅甸是军政府执政，政府只对大宗货物的出入境进行征税，其它人员出入境基本不管，我方与之接壤的地区处于单边管理，边境管理难度大，其中云南章凤口岸对应的还是缅甸的地方武装，时常出现政策朝令夕改的现象，对外贸易得不到保障，极大的影响了中缅边贸关系的持续健康发展。越南方面虽然不断加大对与我国口岸毗邻地区的建设力度，但目前只限于边民互市贸易和日用品的进出口，同时通过调整、紧缩从我国进口商品的贸易政策，限制我国西南地区口岸的出口规模。五是口岸基础设施建设欠帐较多，投资融资渠道严重不足。近年来，我国边境口岸基础设施建设虽有改善，但由于历史欠帐多，资金投入渠道不畅等因素的影响，远远跟不上口岸物流快速增长的需求，严重制约着边境口岸功能的提升，只能满足基本的通关要求。