深圳口岸部门按照国家有关口岸建设与运作的要求，统筹兼顾，科学安排，严密组织，有计划有步骤地推进口岸开通工作，高标准、高质量地筹备深圳湾口岸开通前的各项工作，确保2007年7月1日前顺利开通。
        据悉，从现在起至2007年7月1日前，深圳湾口岸开通工作分为三个阶段进行：第一阶段：查验设备和公共设施安装阶段（2006年8月至12月）。这一阶段的主要任务是进行查验设备设施的招标、采购和安装。第二阶段：设备调试和组建口岸机构阶段（2007年1月至3月）。这一阶段重点是各口岸单位的组建，人员到位，同时做好口岸设施设备的测试及试运行工作，为口岸试运行做好准备。第三阶段：口岸模拟运作和深港两地口岸联动演练阶段（2007年4月至6月）。这一阶段的重点是检测口岸试运行情况，为深圳湾口岸正式开通做好充分准备。
        市委、市政府高度重视深圳湾口岸开通工作。为切实加强领导，成立了口岸开通工作领导小组，负责该口岸开通工作的组织领导和协调工作。日前，许宗衡市长率刘应力常务副市长和陈应春副市长赴北京请示深圳湾口岸开通涉及中央事权的有关事项。市政府陈文江副秘书长率有关部门赴香港沟通深圳湾口岸涉及深港两地的事务。
为了落实深圳湾口岸开通各阶段的任务，深圳口岸部门已作了明确分工。口岸开通的统筹工作由市口岸办牵头落实，深圳海关、深圳边检总站、深圳检验检疫局等单位的各项筹备任务也已分解到责任人。