上海港近几年来取得的大发展，离不开自主创新的支持。通过企业技术管理创新，港口硬件设施和运营效率达到世界一流水平；通过观念和制度创新，引入了更多的战略投资者；通过机制体制创新，不断深化港口管理体制改革，实现了政企分开。跨行政区域的洋山世界级深水港的建成并投入运行，也是创新的成果。“十一五”期间，上海港将从观念创新入手确立创新型港口目标，从树立新的港口经济观、资源观、环境观、科技观和人文观入手，集中优势力量，力求每年取得一批具有重大影响的创新成果。到2010年，初步确立上海港在东北亚的航运服务中心地位，港航信息化建设达到世界一流大港的先进水平。