《办法》规定，深圳市人民政府应当将机场建设和发展纳入国民经济和社会发展规划，并负责组织实施。设立深圳市航空港管理委员会(以下简称空港委)，空港委下设办公室 (以下简称空港办)，负责对机场的统一管理，负责组织实施本办法。同时，机场所在地的区政府和市政府有关职能部门按照各自职责，协同实施本办法。机场管理机构在空港委及空港办的指导下，负责机场的日常运营管理，依照本办法行使有关管理职权。
据悉，深圳市空港委主任将由市长或主管副市长担任，委员由市政府发展改革、规划、国土、财政、建设、公安、交通、环保、工商、口岸、国资等部门，海关、边检、国检、海事、民航监管办等中央驻深单位，基地航空公司、机场管理机构等单位组成。
《办法》还明确了深圳市空港委的职责为：审核机场发展的战略目标、总体规划和促进机场建设发展和地区航空产业发展的重大政策，并报市政府批准；研究与周边地区空港之间的关系，协调空港通航空域及与周边空港使用的衔接问题；协调机场发展中与国家民航部门及国家其他部门之间的关系；协调机场发展中与有关国际民航组织、机构的关系；负责机场口岸重大事务的协调，协调机场地区口岸的规划、建设、管理与服务等问题，协调驻场单位与机场管理机构之间的关系；协调机场与物流园区、保税区和港口建设管理等方面的关系；审议相关部门提出的有关机场的政府投资计划及机场规费地方留成部分的年度使用方案；审议机场内实行特许经营项目的范围、收费标准和特许经营项目授予的方式；审议地方政府在民用航空发展中的其他重要事项。
而空港办负责空港委的日常事务，并负责空港委决策事项落实的组织、协调和监督工作。机场管理机构负责机场的安全保障、运营服务、环境保护和公共事务管理等工作。
