为保证水产品能以最快速度运抵台湾，福建省东山出入境检验检疫局、海关、边检等口岸部门创建“绿色通道”，采取灵活监管检验模式，做到“三快”：快速审批、快速检 验检疫、快速放行。实行全天候验、放，保证随时出货。一般水产品从抵码头至上船，由去年需要2个小时减为1个小时，使买卖双方运作都更便捷，从而有力地吸引了台轮台商前来停靠、经商贸易，有力地促进了对台小额贸易的健康发展。
由于东山港对台贸易的辐射作用，北至辽宁、山东，南至海南、广东等地，都有冻蟹、冻鱼、冻虾、鲜贝等各类水产品经东山港输往台湾。东山港已成为大陆输台水产品的主要集散地。
