北仑检验检疫局于2005年初开始组织开发集装箱综合业务管理系统。新系统包括数据处理系统、废物检验检疫系统、集装箱检验检疫系统、卫生处理系统四个相对独立的子系统。新系统的投入使用将促进“提速、减负、增效、严密监管”的大通关目标的实现。
    新系统利用卸船清单和舱单信息全面准确地获取出入境集装箱信息，对北仑口岸出入境集装箱进行有效监管，防止逃漏检等现象的发生。通过整合进境集装箱重箱、进境集装箱空箱、出境集装箱检验检疫业务，进一步规范出入境集装箱检验检疫工作程序，提高集装箱检验检疫工作质量，严防疫情和有毒有害物质的传入。
    通过检验检疫部门与港务、查验场站建立的EDI数据信息交换系统。检务窗口人员可即时向港务、查验场站发送查验箱移箱指令和查验、检疫处理信息，实现各类信息的电子即时传递，大大提高移箱效率，加快集装箱流转速度，为企业节省大量的成本。通过与码头闸口建立数据交换系统，实现入境集装箱小提单电子放行，为无纸化检验检疫通关放行模式奠定基础。
    新系统的投入使用将进一步规范检验检疫结果登记工作充实业务统计中涉及的各项数据的登记，方便相关业务数据的统计上报工作。同时，集装箱检疫计收费纳入系统，可解决集装箱检疫长期实行人工计费的问题，减少计收费的人为差错，确保计收费的工作质量。