同时，牟新生提出，2006年主要重点抓好四项改革。
一是以建设"耳聪目明智能型海关"为目标，着力推进风险管理机制的建立健全；二是以特殊监管区域整合为突破口，推动保税物流与保税加工同步发展；三是认真落实大通关制度，积极推进电子口岸建设；四是以区域通关改革为着力点，推动区域经济协调发展，推进珠三角、长三角、环渤海地区以及台湾海峡西岸的区域通关改革试点工作，加强组织领导，密切协作配合，适时扩大跨关区"属地申报、口岸验放"试点范围，进一步优化口岸海关与内陆海关业务分工和资源配置。
