2000年12月7日，海关总署正式下文批准成立了重庆海关驻港口办事处。但进出口报关的接单审核、计征税费、放行结关等业务主要还集中在江北地区的重庆海关本部，而海关驻港口办事处仅起监管和查验作用，在这种通关体制下，重庆港九龙坡港区水运口岸通关效率相对低下。
随着长江快速通关体系的建立，重庆海关根据九龙坡港区集装箱吞吐量增长对海关快速通关业务的需求，提出了 "通得快、管得住，为企业提供热情周到的服务"的指导思想，海关驻港口办事处建立了一套完整的作业程序、岗位职责和制度措施，使平均每票货物的通关时间缩短为10分钟，最快的通关放行时间仅5分钟。业务发展到进出口转关、接单审核、计征税费、监管查验、放行结关、理单统计、签发出口退税和进口结汇专用报关单、监管公共保税仓库货物等全方位通关领域。目前，九龙坡港区水运进出口通关业务量已经占重庆关区(含机场、铁路、公路、邮政、出口加工区、新港、涪陵、万洲)的 80％以上。
随着通关业务量的增加，去年5月1日，重庆海关驻港口办事处率先在长江内河港口推出"5＋2"工作制。同时积极加强与成都海关，绵阳分关，成都海关泸州办事处、宜宾办事处、自贡办事处以及贵阳海关的联系和协调，大力拓展二次转关，促成了五梁液、四川聚酯、自贡塞迪维尔等项目的集装箱在九龙坡港区中转，据统计，今年1-9月九龙坡港区二次转关集装箱量达8200TEU。
港口与重庆海关建立数据接口，成为长江内河第一个港口与海关数据联网管理的成功范例。港口通过集装箱管理系统实时向海关提供货物进出口和集装箱进出场情况，然后海关根据接单和查验情况直接向港口传递集装箱(货)放行信息。
据海关统计，今年1-9月，重庆关区外贸进出口达23亿美元，同比增长15％，其中84％通过九龙坡港区水运口岸；1-9月九龙坡港区集装箱吞吐量完成13.23万TEU，比去年同期增长27％。
