新的联检制度正式启用后，所有进出北海港的货物通关手续都可以在这里得到一站式解决。北海港口岸联检楼正式启用后，海关、检验检疫、边防检查、海事等进驻联检单位可实现信息共享；解决过去报关人员办事奔走多个窗口之间的难题，为企业节约金钱和时间。这标志着北海港的服务跃上了一个新台阶。
随着中国－东盟自由贸易区建设及泛珠三角区域经济合作步伐加快，北海作为大西南最便捷的出海通道、迈向东盟桥头堡这一地位日益显著。近年来，自治区、北海市加大了对港口等基础设施建设的投入，2004年2月，北海港石步岭港区5万吨级进港航道工程被列入自治区沿海基础设施大会战项目。经过公司重组，北海港重新焕发勃勃生机：基础设施方面，5万吨级外航道疏浚工程已经开始施工，目前第一标段已经完工，第二标段预计明年2月完成；三期工程项目已经进入实质性报批阶段，工程总投资8．3亿元，竣工后，全港通过能力可达1100万吨以上，可兼靠10万吨级散货船；投入6000多万元购置的60多台（套）港口机械设备已经全部到位；投资1亿多元的仓库、堆场建设和改造工程基本竣工；同时，北海港引进国际ＩＳＯ9001质量管理体系、先进的集装箱管理系统和港口作业保安监视系统，提升了企业信息化建设水平。
