2004年8月28日，广州海关将南沙原有的南伟码头、东发码头和小虎岛三个监管点整合为南沙货港，实现了管理资源的整合。据统计，自2004年8月28日至12月31日，整合后的南沙货港进出口货运量为220.8万吨，比上年同期(下同)大幅增长48.2%。

　　南沙新港启动后，共监管出口外轮25艘，为645票货物办结出口手续，累计货运量达到2万吨，经新港进出的整体货运量呈现逐月上升的良好态势。原来由境内海关转关至深圳大鹏、盐田、赤湾等口岸出口或直接出口的货物，已开始部分转关到南沙新港装配外轮出口；以往北江、西江通过香港转口的货物将可不转道香港，直接通过南沙进出口，节省了货物流转的成本，极大地方便货物的直接进出。南沙货港整合后，进出口货物中经香港中转货运量累计30.6万吨，下降3.8%；而不经香港中转的货运量190.2万吨，大幅增长62.2%。