福建省作为沿海省，更是渔业大省，但水产品及其制品出口量却只占福建省大宗出口产品的3%，与福建省临海优势极不相称。而福建省水产业之所以无法壮大的原因主要在于两类主要的水产品都面临着各自的困境：一是养殖类水产品深加工力度不足，大多数以冷冻品或粗加工产品出口，就算是水产品罐头的加工程度也不高，目前福建省水产加工业主要集中在东山，东山的水产品出口量占全省的60%以上，其它沿海地市因为已形成更为有利的工业产链模式，进行水产品加工开发的空间不大，而东山水产加工业因缺少外地的冲击，且目前已有了较为稳定的出口集群，发展深度、高科技加工的积极性也并不高，这就使养殖类水产品一直处于粗放型加工模态，产品品质提高缓慢。二是海捕类水产业发展更是困难重重，目前，福建省水产品出口还主要是领先海捕业的发展，以东山为例，今年1―5月份，出口水产品中，海捕类水产品占了近85%，同时，海捕类也为养殖类提供了水产品原料，为此，海捕业的发展直接影响了水产业的壮大，但目前全省水产业均面临着水产品原料短缺现象，海捕类水产品的减少，使市场中梭子蟹、章鱼、鱿鱼、吧浪鱼在内的多个水产品种市场收购价格上涨近一倍。

由上可见，海捕类水产业发展的重要性，然而福建省海捕类水产业的发展却尤为滞后，主要原因还在于：一是捕捞业重复生产，小规模生产严重，虽然近年来，福建海洋捕捞业快速增加，但捕捞渔船规模小，大多数以小型渔船为主，就算是稍大的渔船，也多是一些淘汰下来的远洋五百吨以下的中小型渔船，大多数企业不愿意投入太大的资金建设高档的船，而且大多数企业也没有这种资金基础。二是目前福建沿海的渔类资源随着连年的捕捞，许多名贵、高价值的渔类已经少之又少，经济型鱼类资源也大量减少，而低价值的鱼类数量较多，单艘渔船出海捕获量平均不足原来的三分之一，有的渔船一次出海甚至收益不及油费等成本，捕捞业经济效率下滑，使渔民收入下降、捕捞积极性不高，渔船停产。三是由于台湾的天然屏障，台湾海峡的海上风浪小，许多渔民出于自身安全考量，也多集中在近海捕捞，而一旦进入禁渔期，渔民便无其它捕捞途径。

为此，要想突破福建省渔业瓶颈，在于捕捞业的发展，而捕捞业重心则在于远洋捕捞。远洋捕捞即可以有效弥补福建省水产原料不足、水产品种类下降的问题，也能拓展新品种，发展新型加工业，更能促进全省渔业转型，有效促进修、造船等周边行业的兴盛。但远洋捕捞还存在着不小的难题：一是申请远洋捕捞许可的门槛较高，不仅需要资金高投入，而且对捕捞船的机械化、自动化、船员技术能力的高求也很高，这些要求都是目前远洋捕捞无法跨越的屏障。二是远洋捕捞的政府投入力度不足，单靠远洋渔业公司小规模的小打小闹无法大面积扩宽远洋捕捞业的范围，而且远洋捕捞风险性要远高于内海渔业，同时，远洋船一旦出海均在半年以上，这些都要求对船员有着较高的福利保障和安全保险，仅靠公司的投入难以达到要求。三是远洋渔业基础设施投入力度不够，缺少远洋渔业专用码头，同时远洋项目的后勤配套补给、运输等环节服务过度依赖外方，海上加油、卸载等大都靠国外代理。远洋渔业基础设施和后勤服务体系落后，给渔船修造、物资补给、鱼货装卸、安全管理带来非常不便。四是国内外渔业管理日趋严格，国际公约组织对大洋公海渔业管理范围不断扩大，尤其是北太平洋的鱿鱼和秋刀鱼资源已被提到列入国际公约管理的议程，可能二三年后付诸实施。同时我国也针对远洋渔业生产区域布局规划的调整，渔民对政策的茫然也阻碍了远洋捕捞的进展。

为此，检验检疫部门认为：一是设立远洋渔业专项补助资金，用于对远洋渔业企业新建、改建、购置远洋渔船以及配置仪器设备的补助，用于远洋渔业新渔场、新资源的开发、新捕捞作业技术的研究和应用，用于远洋渔业境外基地建设和渔业设施、加工设施的投入等，扶持远洋渔业企业发展捕捞、加工、销售一体化的生产经营模式，鼓励民间渔船积极稳妥地走出国门，参与远洋渔业开发。二是加快远洋渔船更新改造，壮大产业规模。抓紧对20年以上船龄的老旧渔船改造，打造新型渔船，鼓励引进国外带配额且技术装备水平较高的二手渔船。打造一支装备精良、作业结构合理、保障能力强的远洋渔船精锐部队。三是提高远洋渔业组织化程度，引导远洋企业建立产业联盟，培育打造龙头企业和远洋水产品市场，大力推进远洋渔业流通、加工体系建设，不断提升市场开拓和竞争能力，引导、支持远洋渔业企业创新经营模式，建立集捕捞、加工、运输、外贸于一体的产业化经营体系，大力引进国内外营销网络，支持专业合作社参与营销。四是大力推进远洋渔业的国际合作，拓展发展空间和资源开发领域，加强与太平洋16个岛国和西南大西洋诸国的渔业合作，加快国外远洋渔业基地建设。大力引进台湾远洋渔业发展技术和设备，引进台湾远洋渔业大企业合作开发远洋捕捞、加工和物流技术，合作拓展远洋渔业营销网络与远洋渔业基地。五是争取国家扩大远洋渔船建造资金补贴的船型范围，把经济型远洋渔船、远洋渔业运输船列入补助范围。