2005年，两广遭遇50年来罕见大旱，江河和水库蓄水位普遍偏低，珠江三角洲地区遭受近20年来最严重海水咸潮倒灌，直接威胁广州、珠海、中山、东莞、江门等地区用水安全。随后，珠江实施压咸补淡应急调水，这是珠江流域第一次大规模远程跨省区调水，调水线路长达1336公里，涉及贵州、广西和广东三省区及西江、北江沿线多个水利枢纽，路线漫长，代价高昂。
旱情尚未平息，6、7月汛期赶到。当时珠江流域持续高强度降雨，局部出现400年至1000年一遇的特大暴雨，西江流域出现百年一遇的特大洪水，珠江三角洲地区400多万人受灾。一夜间“旱洪急转”。
由于淡水资源减少，珠海、中山等地饮用水源含氯度大幅提高。
“珠江三角洲的水资源问题，已不是年际降雨量丰枯问题，而是经济迅速发展与水资源环境承载力不再协调，单纯指望老天爷是不行的。”水利部珠江水利委员会主任岳中明对记者说。
目前，珠江口已成为华南第一大、国内第二大污染型口岸。水利专家发出警告称，由于珠江水系绿色覆盖率降低，抵御自然灾害的能力严重衰退，如果再不加紧治理，将会真正变成第二条黄河。
