按照初步设计方案，深圳河河口治理工程分为两期完成。按照深港双方共同确定的50年一遇设计防洪标准，深圳河河口一期工程的堤防级别为1级，工程内容主要为挖除深圳河河口北岸福田保税区填河造地面积的40％，并进行该段的护岸工程，治理长度约850米，项目总投资估算约9000万元，由深圳市政府单独投资；二期工程为河口河道疏浚工程范围内的淤泥挖除工程、该段的岸坡修整、护岸工程以及河口出海处的疏挖工程，由深港双方按投资平均分摊的原则共同承担。
这位负责人称，一期工程可于明年初动工。一期工程完成后，不仅可保证治理深圳河第一、二、三期工程能够发挥出设计的防洪效益，也能保证深圳河下游流域部分地区顺畅排水，而且还可减少河口冲刷，从而保护香港的米埔自然保护区以及深圳市的福田红树林自然保护区。
